La necessità di un'acquacoltura sostenibile ha promosso la ricerca sull'uso dei probiotici sugli organismi acquatici. L'interesse iniziale era focalizzato sul loro uso come promotori della crescita e per migliorare la salute degli animali; tuttavia, sono state individuate nuove aree, come il loro effetto sulla riproduzione o sulla tolleranza allo stress, sebbene ciò richieda uno sviluppo più scientifico.

La crescita dell'acquacoltura come industria ha subito un'accelerazione negli ultimi decenni; ciò ha causato danni ambientali e bassa produttività di varie colture. La necessità di una maggiore resistenza alle malattie, crescita di organismi acquatici ed efficienza alimentare ha portato all'uso di probiotici nelle pratiche di acquacoltura. La prima applicazione di probiotici è avvenuta nel 1986, per testare la loro capacità di aumentare la crescita di idrobionti (organismi che vivono in acqua). Successivamente, i probiotici sono stati utilizzati per migliorare la qualità dell'acqua e il controllo delle infezioni batteriche. Oggigiorno, ci sono prove documentate che i probiotici possono migliorare la digeribilità dei nutrienti, aumentare la tolleranza allo stress e incoraggiare la riproduzione.